زندگی نامه منتشرنشده‌ای از رهبر معظم انقلاب
خبرگزاری تسنیم: "حضرت آیت الله العظمی امام خامنه ای در خانواده ای روحانی در مشهد زاده شد.جد اعلای او سیدمحمدحسینی تفرشی نسب به سادات افطسی می رساند.شجره وی به سلطان العلماء احمد،معروف به سلطان سیداحمد می رسد که با 5 واسطه از اخلاف امام سجاد (ع)،است"
به گزارش خبرگزاری تسنیم، آنچه در ذیل می‌آید بخش اول زندگی‌نامه حضرت آیت‌الله العظمی امام سیدعلی سید علی خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی است:

(از 29 فروردین 1318/ 28 صفر 19/1358 آوریل 1939)، فرزند آیت الله سیدجواد، و دومین رهبر انقلاب اسلامی ایران.
وی در خانواده‌ای روحانی در مشهد‌ زاده شد. جد اعلای او سیدمحمد حسینی تفرشی نسب به سادات افطسی می‌رساند.
شجره وی به سلطان‌العلماء احمد، معروف به سلطان سیداحمد می‌رسد که با 5 واسطه از اخلاف امام سجاد (ع)، است.
جدش سیدحسین خامنه‌ای (ح 1259- 20 ربیع‌الآخر 1325 ق) در خامنه به دنیا آمد و در نجف نزد استادان بزرگی چون سیدحسین کوه کمری، فاضل ایروانی، فاضل شربیانی، میرزا باقر شکی و میرزا محمدحسن شیرازی دانش آموخت و پس از طی مدارج علوم دینی در حوزه علمیه نجت، در زمره فقها و مدرسان آن حوزه قرار گرفت.
او در 1316 ق به تبریز آمد (آقابزرگ، 640/2) و مدرس مدرسه طالبیه و امام جماعت مسجد جامع آن شهر شد (گلشن...، 971/2).
سیدحسین دارای افکار بلند سیاسی و اجتماعی، و از علمای طرفدار مشروطه بود و همواره مردم را به حمایت و پاسداری از نهضت مشروطه تشویق می‌کرد (آرشیو مرکز اسناد...، شم 1225).
برخی از آثار علمی وی از جمله حاشیه بر کتاب‌های ریاض‌المسائل، قوانین‌الاصول، مکاسب شیخ انصاری، فوائدالاصول و شرح لمعه وقف کتابخانه حسینیه شوشتری نجف شد (آقابزرگ، همانجا).
شیخ محمد خیابانی، روحانی مبارز و مجاهد عصر مشروطه، شاگرد و داماد وی بود (کسروی، 92).
سیدمحمد خامنه‌ای (1293 ق، نجف- شعبان 1353، نجف) مشهور به پیغمبر (بهبودی، 12)، عموی آیت‌الله خامنه‌ای از شاگردان آخوند خراسانی، شریعت اصفهانی و دیگر بزرگان نجف بود و فردی آگاه به مسائل زمان و از رجال طرفدار مشروطه به شمار می‌رفت (آقابزرگ، 6، مقدمه، 13).
پدر آیت‌الله خامنه‌ای سیدجواد خامنه‌ای (20 جمادی‌الآخر 1313، نجف/16 آذر 1274، 14تیر 1365) از علما و مجتهدان عصر خود بود که در نجف متولد شد و در کودکی همراه خانواده‌اش به تبریز آمد.
پس از اتمام دوره سطح، در حدود سال 1336 ق به مشهد مهاجرت کرد (آرشیو مرکز اسناد، همانجا) و در فقه و اصول از محضر بزرگانی همچون حاج آقا حسین قمی، میرزا محمد آقازاده خراسانی (کفائی)، میرزا مهدی اصفهانی و حاج فاضل خراسانی و در فلسفه از محضر آقابزرگ حکیم شهیدی و شیخ اسدالله یزدی بهره‌مند گردید (شریف، 127/7-129؛ زنگنه132/1).
سپس در 1345 ق به نجف رفت و از حوزه درس میرزا محمدحسین نائینی، سیدابوالحسن اصفهانی و آقا ضیاءالدین عراقی کسب فیض کرد و از 3 نفر یاد شده اجازه اجتهاد گرفت (شریف، 127/7؛ آرشیو مرکز اسناد، همانجا).
او در پی تصمیم بازگشت به ایران، راهی مشهد شد و در‌ آن شهر اقامت گزید و ضمن تدریس، امامت مسجد صدیقیهای بازار مشهد (مسجد آذربایجانیها) را عهده‌دار گردید. (بهبودی، 15)
او همچنین از امامان جماعت مسجد جامع گوهرشاد نیز بود (زنگنه، 77. 1). وی علاقه زیادی به مطالعه داشت. مباحثات علمی روزانه وی با هم‌ردیفان از جمله حاج میرزا حسین عبایی، حاج سید علی‌اکبر خویی، حاج میرزا حبیب ملکی و... ده‌ها سال ادامه داشت.
همچنین وی فردی پرهیزگار و بی‌توجه به امور دنیوی بود و زندگی زاهدانه‌ای داشت (گلشن، همانجا). پس از پیروزی انقلاب اسلامی با آنکه فرزندانش به مقامات عالی سیاسی و اجرایی رسیدند، همچنان به زندگی زاهدانه خود ادامه داد.
به دلیل بهره‌مندی از کمالات انسانی همواره مورد وثوق مردم بود. او در 14 تیر 1365 درگذشت و در رواق پشت ضریح مطهر امام رضا (ع) به خاک سپرده شد (زنگنه، همانجا).
امام خمینی (ره) در پیام تسلیتی به آیت‌الله خامنه‌ای به مناسبت فوت پدرش، آیت‌الله سیدجواد خامنه‌ای را عالمی باتقوا و متعهد برشمرد (صحیفه...، 71/20).
بانو میردامادی (1293-1368ش)، مادر آیت الله خامنه‌ای بانویی زاهد، متشرع، آمر به معروف و ناهی از منکر، آشنا با آیات قرآن، احادیث، تاریخ و ادبیات بود.
او در جریان مبارزه با رژیم پهلوی بسیار صبور و با فرزندان مبارزش، به ویژه آیت‌الله خامنه‌ای همگام بود (آرشیو مرکز اسناد، شمـ1226).
آیت‌الله سیدهاشم نجف‌آبادی (میردامادی) (1303-1380 ق)، جد مادری آیت‌الله خامنه‌ای (از خاندان میرداماد فیلسوف مشهور عصر صفویه) از شاگردان آخوند خراسانی و میرزا محمدحسین نائینی، از علما و مفسران قرآن و از ائمه جماعت مسجد گوهرشاد بود (آقابزرگ، 559/2) و در عین حال به امر به معروف و نهی از منکر اهتمام ویژه‌ای داشت و در پی اعتراض به کشتار مردم در مسجد گوهرشاد در دوره رضاشاه، به سمنان تبعید شد (تاریخ علما...، 308؛ قاسم‌پور، 60) .
آیت‌الله خامنه‌ای از سوی مادر به محمد دیباج فرزند امام جعفر صادق (ع) نسب می‌رساند (زنگنه، 458/1).
ب- شخصیت علمی و فرهنگی
1. تحصیل و تدریس:
سیدعلی خامنه‌ای تحصیل را در چهارسالگی از مکتب‌خانه و با فراگیری قرآن‌کریم شروع کرد.
دوره دبستان را در نخستین مدرسه اسلامی مشهد، دارالتعلیم دیانتی، گذراند (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 1225).
در همین ایام، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان مشهد شروع کرد (بهبودی، 49).
همزمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز نمود.
شوق وافر او به تحصیلات حوزوی و تشویق والدین سبب شد که وی پس از اتمام دوره دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را درمدرسه سلیمان خان ادامه دهد.
وی بخشی از مقدمات را نیز نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسه نواب رفت و دوره سطح را در آن به پایان برد. همزان با تحصیلات حوزوی دوره دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد. (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 1226).
وی معالم‌الاصول را نزد آیت‌الله سیدجلیل حسینی سیستانی و شرح لمعه را نزد پدر و میرزا محمد مدرس یزدی فرا گرفت. رسائل، مکاسب و کفایه را نیز نزد پدر و آیت‌الله حاج شیخ هاشم قزوینی آموخت.
در 1334 ش، در درس خارج فقه آیت‌الله سیدمحمد هادی میلانی حاضر شد. وی در 1336 ش طی سفر کوتاهی همراه خانواده به نجف رفت و در دروس مدرسان بنام حوزه علمیه نجف، از جمله آیات سیدمحسن حکیم، سیدابوالقاسم خویی، سیدمحمود شاهرودی، میرزا باقرزنجانی و میرزا حسن بجنوردی حضور یافت، ولی به دلیل عدم تمایل پدر برای اقامت در آن شهر به مشهد بازگشت (آرشیو مرکز اسناد، همانجا) و یک سال دیگر در درس آیت‌الله میلانی حاضر شد. سپس در 1337 ش به شوق ادامه تحصیل عازم حوزه علمیه قم گردید (بهبودی، 78). در همین سال و پیش از عزیمت به قم، آیت‌الله محمدهادی میلانی به وی اجازه روایت داده بود (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 1232).
سیدعلی خامنه‌ای در قم نزد بزرگانی چون آیات حاج آقا حسین بروجردی، امام‌خمینی، حاج شیخ مرتضی حائری یزدی، سیدمحمد محقق داماد و علامه‌طباطبایی علم آموخت (همان، شمـ 1227).
در مدت اقامت در قم اکثر وقت خود را به تحقیق، مطالعه و تدریس می‌گذراند. آیت‌الله خامنه‌ای در سال 1343 ش به دلیل عارضه بینایی پدر و برای کمک به وی به ضرورت از قم به مشهد بازگشت و بار دیگر در جلسات درس آیت‌الله میلانی حضور یافت که تا 1349 ش ادامه داشت.
او از ابتدای حضور در مشهد، به تدریس سطوح عالی فقه و اصول (رسائل، مکاسب و کفایه) و برگزاری جلسات تفسیر برای عموم همت گماشت.
در این جلسات جمعیت کثیری از قشر جوان به ویژه دانشجویان حضور پیدا می‌کردند. (همان، شمـ 1228). او در جلسات تفسیر خود، مهم‌ترین پایه‌های فکری اسلام و اندیشه اسلامی را از خلال آیات قرآن استخراج و بیان می‌نمود و به تعمیق بنیان‌های اندیشه مبارزه و براندازی حکومت طاغوت می‌پرداخت به صورتی که شرکت کننده در درس تفسیر او به این نتیجه ضروری و طبیعی می‌رسید که حکومتی بر پایه اسلام و معارف دین باید در کشور تحقق یابد.
یکی از اهداف اصلی او از تفسیر، انتقال مبانی انقلاب اسلامی به جامعه بود. از 1347 ش درس تخصصی تفسیر را نیز برای طلاب علوم دینی شروع کرد که این دروس و جلسات تفسیر تا 1356 ش و قبل از دستگیری و تبعید به ایرانشهر ادامه داشت (خامنه‌ای، جمـ).
جلسات تفسیر در سالیانی از دوره ریاست‌جمهوری و پس از آن ادامه داشت. آیت‌الله خامنه‌ای از 1369 ش تدریس خارج فقه را آغاز کرد و تاکنون به تدریس ابواب جهاد، قصاص و مکاسب محرمه پرداخته است. این درس هم‌اکنون نیز ادامه دارد.
آیت‌الله خامنه‌ای دستی در ادبیات دارد و با سبک‌های ادبی آشناست و نثر وی دارای سبک است و از دوران کودکی تاکنون به مطالعه رمان و داستان علاقه‌مند بوده و بسیاری از رمان‌ها و داستان‌های معتبر دنیا را مطالعه کرده است.
این علاقه با مطالعه رمان‌ها و آثار ادبی نویسندگان بزرگ جهان و تاریخ و فرهنگ ملل شرق و غرب تداوم پیدا کرد.
او حتی به نقد کتاب‌های ادبی و شعر هم می‌پردازد. آیت‌الله خامنه‌ای با بسیاری از شاعران، نویسندگان و روشنفکران زمانه در ارتباط بود. در ایامی که در مشهد حضور داشت در برخی از انجمن‌های ادبی که با حضور شعرای بزرگ تشکیل می‌شد، شرکت می‌کرد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 1227) و به نقد شعر می‌پرداخت.
خود نیز اشعاری سروده و در سال‌های اخیر تخلص «امین» را برگزیده است. مطالعه کتب معتبر تاریخی بخش دیگری از برنامه مطالعاتی دائمی ایشان است، به طوری که به مباحث و موضوعات تاریخ معاصر احاطه دارند (تداوم...، 21).
2. آثار:
آیت‌الله خامنه‌ای تحقیق و تألیف را از دوران طلبگی آغاز کرد و تقریرات دروس استادان خود را نگاشت (آرشیو مرکز اسناد، شمـ1228) و به ترجمه چند اثر نیز همت گماشت.
در دوران قبل از پیروزی انقلاب اسلامی، این کتاب‌ها را تألیف کرد:
1. چهار کتاب اصلی علم رجال
2. طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن
3. پیشوای صادق
4. از ژرفای نماز
5. صبر
6. روح توحید نفی عبودیت غیرخدا
7. گزارشی از سابقه تاریخی و اوضاع کنونی حوزه علمیه قم
در‌‌ همان دوره این کتاب‌ها را نیز پس از افزودن تحقیقات خود به آنها، ترجمه و منتشر کرد:
1.  آینده در قلمرو اسلام، نوشته سید قطب
2.  صلح امام حسن (ع): پرشکوه‌ترین نرمش قهرمانانه تاریخ، نوشته شیخ راضی آل‌یاسین
3.  تفسیر فی ظلال القرآن، نوشته سید قطب
4.  مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان، نوشته عبدالمنعم النمر
5.  ادعانامه علیه تمدن غرب.
افزون بر اینها، بسیاری از آراء و اندیشه‌های آیت الله خامنه‌ای که در گفتار‌ها و نوشتارهای ایشان و در قالب پیام، سخنرانی، خطبه و مصاحبه منعکس شده است، به صورت کتاب و نرم‌افزار با عناوین گوناگون و به صورت موضوعی منتشر گردیده و برخی از آنها نیز به زبان‌های دیگر ترجمه شده است.
همچنین پایان‌نامه‌ها، رساله‌ها، مقالات و کتاب‌های گوناگونی ناظر به افکار و اندیشه‌های ایشان تألیف و تدوین شده است؛ نیز بخشی از مجموعه بیانات و مکتوبات ایشان در دوره رهبری با عنوان حدیث ولایت منتشر گردیده است.
ج- حیات سیاسی و اجتماعی:
پیشینه فعالیت‌های سیاسی- مذهبی خاندان آیت‌الله خامنه‌ای، در او زمینه تربیتی برای مبارزه سیاسی- مذهبی فراهم آورده بود.
نقطه آغازین ورود به فعالیت‌های سیاسی، دیدار او با سید مجتبی نواب‌صفوی (میرلوحی) در مشهد بود که به بیان خود او اولین بارقه‌های انقلابی را در وی پدید آورد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 1226).
نخستین دیدار وی با امام‌خمینی در 1336 ش صورت گرفت، اما چهره سیاسی امام‌خمینی برای اولین بار در جریان لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی برای ایشان مکشوف شد (همان، شمـ 1228).
آیت‌الله خامنه‌ای با آغاز نهضت اسلامی به رهبری امام‌خمینی در 1341 ش وارد عرصه‌های گوناگون مبارزه با طاغوت شد و جزو نخستین افرادی بود که همگامی و فعالیت مبارزاتی را در دوره قبل از قیام 15 خرداد 1342 آغاز کرد (همان، شمـ 119).
در بهمن 1341 پس از همه‌پرسی لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی، آیت‌الله خامنه‌ای و برادرش سیدمحمد مأمور رساندن گزارش آیت‌الله محمدهادی میلانی به امام‌خمینی در قالب نامه در مورد واکنش مردم مشهد به این همه‌پرسی شدند (جلالی، 148).
در 1342ش و در آستانه ماه محرم، امام‌خمینی وی را مأمور ساخت پیام‌هایی را به آیت‌الله میلانی و علما، روحانیون و هیئت‌های مذهبی خراسان در جهت تداوم نهضت و آگاه‌سازی مردم در قبال تبلیغات رژیم پهلوی انتقال دهد (آرشیو مرکزی اسناد، شمـ 1229-1231).
امام‌خمینی در این پیام‌ها خط مشی مبارزه را ترسیم کرده و از علما و روحانیون خواسته بود به منظور تبیین جنایات رژیم پهلوی، ذکر واقعه مدرسه فیضیه را روز هفتم محرم در منابر خوانده شود (باقری، 1312).
آیت‌الله خامنه‌ای خود نیز برای محقق ساختن هدف و اجرای خط مشی امام‌خمینی راهی بیرجند- که تحت نفوذ خاندان علم بود- شد و در منابر و مجالس آن شهر درباره حادثه مدرسه فیضیه و سلطه اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی کرد (بهبودی، 129-134).
به دنبال این سخنرانی‌ها، وی در 12 خرداد 1342 ش/7محرم 1383 ق دستگیر و در مشهد زندانی شد (آرشیو مرکزی اسناد، شمـ 614، 1231-1232).
پس از آزادی وی، آیت‌الله محمدهادی میلانی از او دیدن کرد (همان، شمـ 1233) و آیت‌الله خامنه‌ای پس از آن با حضور در جلساتی که در منزل آیت‌الله میلانی به منظور تداوم نهضت اسلامی در غیاب امام‌خمینی- که در حصر به سر می‌برد- تشکیل می‌شد، فعالیت‌های سیاسی‌اش را تداوم بخشید (جلالی، 205).
اندکی پس از آن به حوزه علمیه قم بازگشت و با کمک و همکاری برخی از روحانیون مبارز به سازمان‌دهی مجدد فعالیت‌های سیاسی از طریق برگزری جلسات مشورتی و تبلیغات پرداخت (بهبودی، 156-157).
او از جمله روحانیونی بود که در 11 دی 1342 تلگرامی به آیت‌الله سیدمحمود طالقانی، مهدی بازرگان و یدالله سحابی که در حمایت از امام‌خمینی زندانی شده بودند، فرستاد (یاران امام...، طالقانی، 1/468).
در‌‌ همان زمان طلاب خراسانی حوزه علمیه قم با هدایت او، در اعتراض به ادامه حصر امام‌خمینی نامه‌ای به حسنعلی منصور، نخست‌وزیر وقت نوشته و منتشر کردند که از جمله آنها خود وی و ابوالقاسم خزعلی و محمد عبایی خراسانی بودند. (امام...، 392/4)
آیت‌الله خامنه‌ای در بهمن 1342 مقارن با رمضان 1380 برای تبلیغ و تبیین مسائل نهضت اسلامی راهی زاهدان شد (بهبودی، 162-166).
سخنرانی‌های او در مساجد زاهدان و استقبال مردمی از آن، رژیم را برآن داشت که او را دستگیر و به زندان قزل‌قلعه- که در آن زمان محل بازداشت زندانیان سیاسی و امنیتی بود- منتقل نماید. (آرشیو مرکزی اسناد، شمـ 1234).
در 14 اسفند 1342 قرار بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای به قرار التزام به عدم خروج از حوزه قضایی تهران تبدیل و وی از زندان آزاد شد (بهبودی، 187).
از این پس تا پیروزی انقلاب اسلامی فعالیت‌های وی همواره تحت کنترل مأموران امنیتی قرار داشت.
آیت‌الله خامنه‌ای در پاییز 1343 ش از قم به مشهد بازگشت و در کنار مراقبت از پدر به فعالیت‌های علمی و سیاسی پرداخت (همان، 192-195) .
او در زمره روحانیونی بود که اندکی پس از تبعید امام‌خمینی به ترکیه با نگارش نامه‌ای به دولت وقت- دولت امیرعباس هویدا- در 29 بهمن 1343 به اوضاع نابسامان کشور و تبعید امام‌خمینی اعتراض کردند (اسناد انقلاب، 128/3-130).
وی به همراه کسانی چون عبدالرحیم ربانی شیرازی، محمد حسینی بهشتی، علی فیض مشکینی، احمد آذری قمی، علی قدوسی، اکبر هاشمی‌رفسنجانی، سید محمد خامنه‌ای و محمدتقی مصباح یزدی (هاشمی، دوران...، 1566/2).
اعضای "گروه یازده نفر" بودند که با هدف تقویت و اصلاح حوزه علمیه قم برای مبارزه با رژیم پهلوی شکل گرفت.
مبارزه بر منبای فکر و عقیده بود و همین امر علت پیشرفت آن می‌شد و روحانیون نیز به منزله بدنه و مغز متفکر مبارزه بودند. آنان در این مرحله از مبارزه به این نتیجه رسیده بودند که با نبود تشکل، موفقیت کمتری خواهند داشت و وجود آن موجب می‌شود که از فروپاشی مبارزه توسط رژیم جلوگیری شود.
این گروه در دوران تبعید امام‌خمینی، برنامه‌ریزی جریان مبارزات و تداوم آن را بر عهده گرفت. از این گروه به عنوان اولین تشکیلات سری حوزه علمیه قم یاد می‌شود.
فعالیت این گروه در اواخر سال 1345 ش توسط ساواک کشف شد و به دنبال آن برخی از اعضا دستگیر و برخی دیگر از جمله آیت‌الله خامنه‌ای تحت تعقیب قرار گرفتند (یاران امام، قدوسی، 86-87؛ همان، ربانی، 60-69).
آیت‌الله خامنه‌ای در همین ایام مخفیانه به ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام کرد. در این کتاب به دو موضوع مهم فشار غرب و تبلیغات کمونیسم اشاره شده و دورنمایی از آینده که به سمت اسلام پیش می‌رود، آمده است (آینده در...، سراسر اثر).
ساواک کتاب را توقیف و افراد مرتبط با انتشار آن را دستگیر کرد، اما موفق به دستگیری و بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای (مترجم کتاب) نشد (بهبودی، 235-238).
آیت‌الله خامنه‌ای در آن ایام مدتی در تهران و کرج به فعالیت مشغول بود، اما به علت ندادن تعهد بر عدم اظهار مطالب ضدرژیم از فعالیتش در کرج ممانعت به عمل آمد.
در مسجد امیرالمومنین تهران هم مدتی به امامت جماعت پرداخت. در پی دستگیری و تبعید آیت‌الله سید حسن قمی در فروردین 1346 که به دنبال سخنرانی ضدرژیم او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت، آیت‌الله خامنه‌ای از آیت‌الله میلانی خواست به این اقدام اعتراض کند (یاران امام، میلانی، 5/3-7).
این اقدام وی سبب شد مأموران ساواک از حضور در مشهد اطلاع یافته و در 14 فروردین‌‌ همان سال، در مراسم تشییع جنازه آیت‌الله شیخ مجتبی قزوینی وی را دستگیر کنند (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 614) و او در 26 تیر‌‌ همان سال آزاد شد (همان، شمـ 574). اندکی پس از آزادی، در تهران به ملاقات زندانیان سیاسی رفت. (بازرگان، 422-423).
آیت‌الله خامنه‌ای از طریق ارتباط با مبارزان در نقاط مختلف، سعی در تشکل بخشیدن به آنان و مبارزه، تربیت نسل‌های جدید مبارزان و انقلابیون براساس اندیشه اسلامی خصوصا بین طلاب علوم دینی و دانشجویان، سعی در اخذ مبانی مبارزه از قرآن و حدیث، مقابله با اندیشه‌های مادی گرایانه مارکسیستی و لیبرالیستی و امثال آن، به تعمیق اندیشه اسلامی و مبارزه در چهارچوب نهضت امام‌خمینی پرداخت و به رغم مقابله رژیم پهلوی به موفقیت‌های زیادی دست یافت.
نگاه چند بعدی به مبارزه، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت امام‌خمینی و رسانه فراگیر منبر و عملگرایی‌اش، از برخی علل موفقیت وی بوده است.
در پی وقوع زمین لرزه ویرانگر جنوب خراسان در 9 شهریور 1347 عده‌ای از روحانیون خراسان به سرپرستی آیت‌الله خامنه‌ای با هدف امداد و ساماندهی کمک‌های مردمی به زلزله‌زدگان، عازم فردوس شدند.
این اقدام با مخالفت مقامات امنیتی محلی روبرو شد، اما گروه امداد اقدامات موثری در کمک‌رسانی به زلزله‌زدگان انجام داد. حضور و کمک‌رسانی دو ماهه آیت الله خامنه‌ای در فردوس فرصتی پدید آورد تا با مشکلات مردم زلزله‌زده از نزدیک آشنا شود و با آنان مأنوس گردد و در مجالس و منابر و همچنین هیئت‌های مذهبی، پیام نهضت اسلامی را برای مردم آن سامان تبیین کند.
این فعالیت‌ها حساسیت شهربانی و ساواک خراسان را برانگیخت و به اقامتش در فردوس پایان داده شد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 614).
او در اواخر دی‌ماه‌‌ همان سال به قصد زیارت عتبات عالیات و دیدار با امام‌خمینی (ره) اقدام کرد، اما با مخالفت و ممانعت ساواک روبه‌رو شد. این محدودیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت و وی ممنوع‌الخروج بود (بهبودی، 304).
آیت‌الله خامنه‌ای به اتهام عضویت در "گروه یازده نفر" به 6 ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامه کیهان و احضار آیت‌‌الله خامنه‌ای به دادگاه تجدیدنظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری کرد (یاران امام، هاشمی‌نژاد، 248-249).
او با آنکه تحت پیگرد بود، با برخی از روحانیون مبارز از جمله سیدمحمود طالقانی، سید محمدرضاسعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی‌کنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی‌رفسنجانی و فضل‌الله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور می‌یافت (یاران امام، سعیدی، 248؛ همان، طالقانی،497/2؛همان، مهدوی، 14؛ همان، محلاتی،521/1؛ همان، باهنر، 355).
او با تشکیل جلساتی با حضور عده‌ای از روحانیون درباره اعزام روحانیون و طلاب به روستاهای اطراف مشهد تصمیم‌گیری و اقدام می‌کرد (همان، سعیدی، 363؛ همان، مهدوی، 114).
آیت‌الله خامنه‌ای با نگاه اعتقادی به نهضت اسلامی و پرورش فکری مردم بر آن مبنا، مبارزات خود را ادامه داد.
او با برگزاری جلسات تفسیر برای طلاب علوم دینی و دانشجویان و ایراد سخنرانی برای قشرهای مختلف مردم می‌کوشید مبانی دینی- اعتقادی آنان را تقویت نماید.
او معتقد بود که تحقق آرمان‌های اسلامی در بستری از کوشش‌های فرهنگی ممکن است و خیزش‌های مردمی جز با گسترش آگاهی و دانایی محقق نخواهد شد.
در آن دوران جریان روشنفکری جریان فعال و مبارز در دانشگاه‌ها تلقی می‌شد. او این رویکرد را در واکنش به فعالیت‌های جریان‌های سیاسی معتقد به تفکر مارکسیستی ضروری می‌دانست.
در این زمینه فعالیت‌های علمی و جلساتی را با شرکت مبارزان و متفرکان اسلامی در 1348 ش برگزار کرد (بهبودی، 326-327).
آیت‌الله خامنه‌ای با بسیاری از روشنفکران و کانون‌های روشنفکری مشهور در عرصه مبارزه نیز ارتباط و همکاری داشت.
وی در 1348 ش به منظور تبیین مباحث تأثیرگذار در روند مبارزه به ایراد سخنرانی‌هایی در برخی مراکز فعال سیاسی اسلامی در تهران از جمله حسینیه ارشاد و مسجد الجواد تهران دعوت شد. (همان، 331-332، 470-471)
سخنرانی‌های وی در حسینیه ارشاد که در اواخر سال 1348 ش و به دنبال دعوت آیت‌الله مرتضی مطهری از وی صورت گرفت و نیز سخنرانی در مسجود الجواد تهران به دعوت انجمن اسلامی مهندسین، تأثیر زیادی در روشنگری نسل جوان، به ویژه دانشجویان و دانش‌آموزان داشت (جودکی، 23؛ یاران امام، هاشمی‌نژاد، 306-307).
آیت‌الله خامنه‌ای در بهار 1349 ش در جهت عمق بخشیدن به نهضت اسلامی و تقویت بن مایه‌های اعتقادی مبارزه با رژیم پهلوی سلسله جلساتی را پایه‌گذاری کرد که در آن ایده مبارزاتی خود مبنی بر تدوین جهان‌بینی و ایدئولوژی اسلامی را با دعوت از افرادی چون مرتضی مطهری، سیدمحمود طالقانی، سید ابوالفضل زنجانی، عباس شیبانی و کاظم سامی به بحث و بررسی گذاشت. این سلسله جلسات به تدوین جهان‌بینی و ایدئولوژی اسلامی انجامید (فارسی، 215).
با درگذشت آیت‌الله سیدمحسن حکیم در خرداد 1349 بحث مرجعیت که در گذشته پس از رحلت آیت‌الله بروجردی مطرح شده بود، به صورت جدی در جامعه مطرح گردید و در این میان آیت‌الله خامنه‌ای ضمن گرامی‌داشت مقام فقهی و علمی آیت‌الله حکیم و ارسال پیام‌های تسلیت به برخی از علما، تلاش مضاعفی برای تحکیم مرجعیت امام‌خمینی به عنوان مرجع تقلید اعلم انجام داد.
در‌‌ همان ایام و به دنبال شهادت آیت‌الله سید محمدرضا سعیدی در 20 خرداد 1349 توسط ساواک که از مهم‌ترین مروجین مرجعیت امام‌خمینی در آن مقطع بود، تلاش کرد به همراه شمار دیگری از مبارزان ضمن هدایت واکنش‌های مردمی در اعترض به شهادت وی، از موقعیت پدید آمده به نفع مبارزه بهره ببرد.
بر اثر جریان‌سازی وی در این برهه بود که عده‌ای از طلاب علوم دینی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در حمایت از امام‌خمینی و انتقاد از رژیم و ساواک اقدام کردند (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 130-183؛ یاران امام، سعیدی، 32. 1).
به دنبال آن و با گسترش دامنه اعتراضات و مبارزات (همان، میلانی، 423. 3-424) ساواک مشهد در 2 مهر 1349 وی را دستگیر و مدتی در زندان لشکر خراسان- تنها زندان امنیتی مشهد- بازداشت کرد (تقویم...، 225).
در محرم 1391/اسفند 1349 با آنکه نام آیت‌الله خامنه‌ای در فهرست واعظان ممنوع‌المنبر ساواک قرار گرفته بود، وی سخنرانی‌هایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد کرد. (یاران امام، باهنر، 520-521، هاشمی، دوران، 1134. 2-1135)
در پی تحریم جشن‌های 2500 ساله از سوی امام‌خمینی (صحیفه، 358. 2-373) ساواک مراقبت‌های شدیدی نسبت به فعالیت روحانیون مبارز در پیش گرفت.
بر این اساس وی در مرداد 1350 به ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد (آرشیو مرکز اسناد، 123، 614).
او پس از آزادی، فعالیت‌های خود را ادامه داد و در‌‌ همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یکی در آبان که به بازداشت کوتاه‌مدت وی در زندان لشکر خراسان انجامید و دیگری در 21 آذر که به اتهام اقدام بر ضدامنیت داخلی به 3 ماه حبس محکوم گردید (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 614).
وی پس از آزادی فعالیت‌های سیاسی و اجتماعی خود را گسترش داد و بار‌ها در جلسات هیئت انصارالحسین و مسجد نارمک تهران حضور یافت و سخنرانی‌هایی در موضوعات دینی و سیاسی ایراد کرد.
جلسات درس و تفسیر او در مدرسه میرزا جعفر و مسجد امام حسن و مسجد قبله و نیز در منزلش در مشهد ادامه داشت.
مخاطب او در این جلسات دانش‌آموزان، دانشجویان، طلاب جوان و گروه‌هایی از قشرهای مختلف مردم بودند که وی آنان را با تفکر اسلام انقلابی و سیاسی آشنا می‌ساخت. عده زیادی از مخاطبان جلسات و شاگردان او بعد‌ها در اوج مبارزات در نقاط مختلف کشور به آگاهی‌بخشی پرداختند.
گزارش‌های جلسات سخنرانی و درس او بار‌ها از سوی مأموران امنیتی منعکس شده است. از نظر ساواک، افرادی چون آیت‌الله خامنه‌ای از مدرسان روشنفکر و انقلابی حوزه‌های علمیه تلقی می‌شدند که ضمن داشتن ارتباط با دانشجویان و جوانان، مروج اندیشه‌های مبارزاتی امام‌خمینی و خواستار آگاه ساختن طلاب علوم دینی به مسائل سیاسی و اجتماعی بودند (استاد...، 218، ایران امام، میلانی، 590. 3).
آیت‌الله خامنه‌ای در فروردین 1352 برای تبلیغ عازم نیشابور شد و در مساجد آن شهر سلسله جلسات درس اصول عقاید را که هفته‌ای یک بار در روزهای سه شنبه برگزار می‌شد، دایر کرد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 572، 614).
در خرداد 1352 ساواک جلسات تفسیر وی در مسجد امام حسن و منزلش را تعطیل کرد (ه‌مان، شمـ 572، 573 و 614).
آیت‌الله خامنه‌ای در آذر 1352 محل اقامه نمازجماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یاد شده را به کانون فعالیت دانشجویان و طلاب جواب تبدیل کرد (ه‌مان، شمـ 614).
ساواک مشهد در واکنش به فعالیت‌های سیاسی گسترده او، او را از اقامه نمازجماعت در آن مسجد باز داشت (یاران امام، مطهری، 455؛ آرشیو مرکز اسناد شمـ573).
در آبان 1353 به دعوت آیت‌الله محمد مفتح، امام‌جماعت مسجد جاوید تهران که در آن ایام ممنوع‌المنبر شده بود، در آن مسجد به سخرانی پرداخت.
در پی آن ساواک به دستگیری آیت‌الله مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانون‌های مهم مبارزه اقدام کرد (نیکبخت، 408).
به دنبال آن منزل آیت‌الله خامنه‌ای هم در آذرماه‌‌ همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را اظهارات وی در جلسه‌ای خصوصی درباره ضرورت ایجاد جمعیتی برای سامان‌دهی مبارزه و استفاده از فرصت‌ها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام نمود (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 573).
در ‌‌نهایت آیت‌الله خامنه‌ای در دی 1353 برای ششمین بار دستگیر و این بار به زندان کمیته مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل گردید (همان، شمـ 527، 574، 614) و به گفته خود، دشوار‌ترین و سخت‌ترین وضعیت حبس خود را تجربه کرد.
او در حبس، اجازه ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده‌اش نیز داده نشده بود (ه‌مان، شمـ 575).
او در 2 شهریور 1354 از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت مأموران امنیتی بود و اقامه نمازجماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در منزلش ممنوع شده بود (همان، شمـ 304، 389، 575)، اما او به رغم همه محدودیت‌های سیاسی و امنیتی جلسات تفسیر و فعالیت‌ها و اقدامات روشنگرانه انقلابی خود را به صورت مخفیانه پی گرفت و پرداخت شهریه امام‌خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد. (همان، شمـ 572، 576)
در اواخر سال 1354 ش مخفیانه کتاب طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن را با نام مستعار سیدعلی حسینی منتشر کرد.
او در خرداد 1355 به دنبال وقوع سیل در قوچان، گروهی را تشکیل داد که از مشهد برای کمک‌رسانی به مردم سیل‌زده به آن شهر اعزام شده و با استقرار در مدرسه عوضیه آن شهر به امدادرسانی پرداختند. (همان، شمـ 389).
در اسناد ساواک گزارش‌هایی درباره فعالیت‌های سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای و پدرش در اواخر سال 1355 ش در مشهد وجود دارد که به طرفداری از امام‌خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداختند.
آیت‌الله خامنه‌ای در محرم 1396/ دی 1355 سخنرانی‌هایی بر ضدرژیم ایراد کرد و ضمن برگزاری سلسله جلسات مباحثه درباره تبیین فضای فکری- فرهنگی، به ویژه برای دانشجویان و جوانان (گفت‌وگوی چهارجانبه، سراسر اثر) و نیز حضور در جلسات علما و روحانیون تهران روند مبارزه را شدت بخشید (یاران امام، مفتح، 340؛ استاد، 277).
از سوی دیگر، ساواک هم می‌کوشید برای به دست آوردن مستنداتی بر ضد او و مبارزان دیگر در آن جلسات نفوذ کند (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 583). به دنبال درگذشت علی شریعتی در لندن در 29 خرداد 1356 آیت‌الله خامنه‌ای در بزرگداشت و مراسم تحریم وی حضور یافت. این حضور او به دلیل آشنایی و ارتباط دیرینه‌اش با شریعتی و پدرش بود (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 389، 572).
به دنبال درگذشت آیت‌الله سیدمصطفی خمینی در اول آبان 1356 در نجف، آیت‌الله خامنه‌ای و برخی از مبارزان مراسم ختمی در 6 آبان در مسجد ملاهاشم برپا کردند (همانجا.)
در‌‌ همان ایام نیز همراه با عده‌ای از علمای مشهد تلگرام تسلیتی به امام خمینی در نجف مخابره نمودند (امام، 52. 6) با درگذشت آیت الله سیدمصطفی خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحله نهایی خود شد و حرکت‌های جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید.
رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیت‌ها، به رغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سرکوب و خفقان فعالیت‌های مبارزان را محدود‌تر کرد به دنبال اجرای این سیاست برخی از مبارزان را محدود‌تر کرد به دنبال اجرای انی سیاست، برخی از مبارزان سر‌شناس به تبعید محکوم شدند که آیت الله خامنه‌ای هم در زمره آنان بود او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به 3 سال تبعید در ایرانشهر محکوم گردید (آرشیو مرکز اسناد، شمـ576) و مأموران ساواک در 23 آذر 1356 به منزلش یورش برده و او را دستگیر کرند و به ایرانشهر انتقال دادند
. هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان و به دنبال آن، عدم توفیق وی در امر مبارزه و افشاگری بر ضد حکومت بود (انقلاب، 263. 1؛ یاران امام، مطهری، 575) اما وی به علت تعامل با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردن ایرانشهر یافت و با بهره گیری از این فرصت‌ها پیام انقلاب را به مردم دور‌ترین نقاط کشور رساند (انقلاب، 326. 2، 51. 10) سخنرانیهای او در مسجد آل رسول ایرانشهر و رفت و آمد علما و روحانیون مبارز، نیروهای انقلابی و قشرهای مختلف مردم به منزل او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیت‌های او را محدود سازند و از رفت و آمد مردم ممانعت به عمل آورند. (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 576؛ اسناد نهضت...، 234. 9-235).
او در 19 فروردین 1357 در پی کشتار مردم در یزد، در نامه‌ای به آیت الله محمد صدوقی این اقدام وحشیانه رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامه مبارزه، یاد شهدای آن حدثه را گرامی داشت (یاران امام، صدوقی، 128-131) این نامه به صورت اعلامیه در سراسر کشور پخش گردید (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 576).
وقوع سیل در ایرانشهر در 11 تیر 1357 موقعیتی فراهم آورد تا آیت الله خامنه‌ای با توجه به تجربیات پیشینش، مدیریت تنها گروه امدادی را عهده دار شود. وی با هماهنگی‌هایی که با روحانیون شهرهای مختلف از جمله یزد و مشهد داشت، توانست کمک‌های مردمی را از اقصا نقاط ایران جذب، و در بین سیل زده‌ها تقسیم کند (همانجا).
آیت الله خامنه‌ای در دوران تبعید ارتباط خود را با مبارزان و علمای ترازا ول مبارزه در شهرهای ایران حفظ کرد و پیوسته مکاتباتی درباره نهضت اسلامی با آنان داشت و از این طریق در جریان بسیاری از حوادث و رخداد‌ها قرار می‌گرفت و با نامه نگاری‌های گوناگون در بسیاری از تصمیم گیری‌های جمعی علما مشارکت می‌کرد.
با اوج گیری انقلاب اسلامی در آستانه ماه رمضان (در 28 شعبان 1398ق/28 تیر 1357ش). شماری از طلاب حوزه علمیه مشهد به اداه تبعید آیت الله خامنه‌ای اعتراض کردند و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند. که به دخالت مأموران انتظامی انجامید.
گسترش فعالیت‌های انقلابی و مردمی آیت الله خامنه‌ای در راستای جهت دهی و سامان دهی مبارزه در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف از یک سو، و محبوبیت و نفوذ روز افزون وی در میان قشرهای مختلف مردم آن سامان از سوی دیگر، مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت که در مقایسه باایرانشهر دورافتاده‌تر و دارای محدودیت‌های بیشتری بود، تغییر دهند. از این رو، وی در 22 مرداد به جیرفت انتقال یافت (ه‌مان، شمـ 102) مبارزات سیاسی آیت الله خامنه‌ای در جیرفت هم متوقف نماند و او از‌‌ همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری بر ضد حکومت پهلوی پرداخت یکی از سخنرانی‌ها، که در 15 شهریور 1357 صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی توسط مردم منجر شد (همان، شمـ111).
این اتفاق زمانی روی داد که هنوز تظاهرات و راهپیمایی در شهرهای کوچک معمول نشده بود او در شمار روحانیون تبعیدی‌ای بود که در نامه‌ای به آیت الله سید عبدالحسین دستغیب ضمن تشریح حوادث کشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم راهکارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حکومت پهلوی ارائه کردند (اسناد انقلاب، 348. 3-357) وی در این دوره مخفیانه عازم کهنوج شد وسخنرانی‌های افشاگرانه‌ای ایراد کرد (آرشیو موسسه،... شمـ 1889).
با گسترش مبارزات مردمی و از هم گسیختگی ارکان رژیم و ناتوانی آن در مهار روند انقلاب، آیت الله خامنه‌ای در اول مهر 1357 از جیرفت به مشهد مراجعت کرد و در آنجا فعالیت‌های خود را در امر سامان دهی امور انقلاب و تشدید روند مابرزه و پیگیری مسائل گوناگون نهضت ادامه داد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 576) در ایام اقامت امام خمینی در فرانسه، با ارسال تلگرامی به همراه برخی از روحانیون مبارزه مشهد، اقامت موقت امام در فرانسه را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم و قاطعیت در دل مردم و نشانی از عزم و اراده راسخ امام در راه نجات امت مسلمان ایران عنوان کرده و از ایشان تقاضا کردند دستورات لازم را برای ادامه مبارزه صادر کنند. در پایان نیز خواستار بازگشت امام خمینی به ایران شدند (اسناد انقلاب، 402. 3؛ آرشیو مرکز اسناد، شمـ 209).
فعالیت‌های مبارزاتی آیت الله خامنه‌ای در مشهد در مدت اندکی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازمان دهی حرکت‌ها و تظاهرات مردمی، سخنرانی‌های افشاگرانه‌ای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد کرد (انقلاب، 192. 14، 472) در عین حال، با بیت امام و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دائم بود. پیرو همین ارتباط بود که سید احمد خمینی در 10 آبان 1357 از پاریس با آیت الله صدقی تماس گرفت و تمایل امام خمینی برای ملاقات با وی و آیت الله خامنه‌ای را اعلام کرد (امام، 603. 7؛ یاران امام، صدوقی، 431)
آیت الله خامنه‌ای در شمار روحانیونی بود که با سخنرانی در ورزشگاه سعد آباد مشهد در اجتماع بزرگ فرهنگیان آن شهر خواستار بازگشت امام خمینی وتشکیل حکومت اسلامی شد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ 389-572) او در آخرین روزهای آبان همراه با سیدعبدالکریم هاشمی‌نژاد با عزیمت به شهرستان‌های قوچان، شیروان و بجنورد و برپایی جلسات سخنرانی به تقویت جریان انقلاب در آن شهر‌ها همت گماشت.
فعالیت‌های روز افزون و تأثیرگذار آیت الله خامنه‌ای در مشهد، مقامات امنیتی رژیم پهلوی را بر آن داشت که ایشان را دستگیر نمایند در گزارش‌های ساواک از آیت الله خامنه‌ای به عنوان یکی از پرچمداران برجسته انقلاب در خراسان نام برده شده است (ه‌مان، شمـ 389).

وی در 19 و 20 آذر 1357 هم زمان با تاسوعا و عاشورای حسینی سخنرانی پرشوری در اجتماع بزرگ راه پیمایان مشهد ایراد کرد و خطبه شب عاشورا را در حرم مطهر امام رضا (ع) به نام امام خمینی خواند و با این اقدام انقلاب تابوی سنتی حکومت پهلوی را که تا پیش از آن، مراسم مذکور را به صورت تشریفاتی و با دعا برای محمدرضا پهلوی اجرا می‌کرد، در هم شکست (ه‌مان، شمـ 572؛ آرشیو موسسه، شمـ 1921) همچنین او در روز عاشورا تظاهرات عظیم مردم مشهد را ساماندهی کرد.و در اجتماع بزرگ آنان به سخنرانی پرداخت (روزشمار...، 339. 8، 352). وی در شمار روحانیونی بود که در 24 آذر در اعتراض به حمله مأموران رژیم پهلوی به بیمارستان شاهرضای مشهد (امام رضای کنونی) برنامه تحصن در بیمارستان مزبور را مطرح کرد (انقلاب، 33. 20).
در مسیر حرکت آنان برای تحصن بسیاری از مردم نیز به آنان پیوستند و در شمار متحصنین قرار گرفتند (شمس آبادی، 315-316). متحصنین با صدور اعلامه‌ای ضمن تشریح جنایات عوامل حکومت پهلوی، مجازات آنان را خواستار شدند (اسناد انقلاب، 492. 3-493) و بر سرنگونی حکومت پهلوی و بازگشت امام خمینی تأکید کردند. این اقدام آنان بازتاب گسترده‌ای یافت و اعلامیه‌های متعددی در همبستگی و حمایت از آن‌ها در سراسر ایران منتشر شد. (انقلاب، 188. 21، 123-124).
آیت الله خامنه‌ای در 9 دی 1357 به همراه عده‌ای از علمای مبارز مشهد پیشاپیش جمعیت انبوهی از مردم به منظور همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان با جریان انقلاب به سوی ساختمان استانداری حرکت کردند. اما به رغم تلاش‌های مسالمت آمیز آن‌ها نیروهای انتظامی مستقر در استانداری به سوی مردم آتش گشودند. به دنبال آن جمعیت تظاهرکننده به خیابان‌ها ریخته و برخی ساختمان‌ها و مراکز دولتی را به آتش کشیدند. شب حادثه، علمای مشهد از جمع آیت الله خامنه‌ای با تشکیل جلسه‌ای کوشیدند مانع درگیری و کشتار بیشتر مردم در روز بعد بشوند، ولی عوامل رژیم پهلوی با قتل عام مردم تظاهرکننده فاجعه یکشنبه خونین 10 دی 1357 را به بار آوردند (شمس آبادی، 325-328). به دنبال وقوع این حوادث، آیت الله خامنه‌ای به همراه عده‌ای از روحانیون مبارز مشهد در محکومیت این حادثه و تداوم نهضت اعلامیه‌ای صادر کردند (روزشمار، 216. 10-217).
با شتاب گرفتن روند فروپاشی حکومت پهلوی و نمایان شدن نشانه‌های پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام خمینی در 22 دی 1357 فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند (صحیفه، 426. 5-428). آیت الله خامنه‌ای که از سوی اما مبه عضویت آن شورا انتخاب شده بود، با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک کرد و در اواخر دی 1357 به تهران آمد و در مدرسه رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به ویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه ریزی برای اینده، نقش فعالی برعهده گرفت (او به تنهایی...، 63؛ حدیث...، 40. 2). پس از تشکیل کمیته استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی (قاسم‌پور، 92-94) مسئولیت کمیته تبلیغات آن را عهده دار شد. به دنبال بسته شدن فرودگاه‌های کشور به دستور بختیار و ممانعت از بازگشت امام خمینی به ایران، آیت الله خامنه‌ای به همراه آیت الله بهشتی و چند تن از روحانیون مبارز سر‌شناس در اعتراض به این اقدام دولت، در مسجد دانشگاه تهران تحصن عظیمی را سامان دهی کردند که با پیوستن سایر علما، دانشگاهیان و مردم ابعاد وسیعی به خود گرفت (هاشمی، انقلاب و....، 161-162، اطلاعات، شمـ 5771، 1357. 11. 09).
شب قبل از آغاز تحصن، آیت الله بهشتی در بهشت زهرا سخنرانی کرد و آیت الله خامنه‌ای قطعنامه‌ای را که خود تهیه کرده بود، برای مردم قرائت نمود و با این برنامه تحصن روز بعد در مسجد دانشگاه تهران قطعیت یافت. آیت الله خامنه‌ای در طول تحصن با تشکیل ستادی با مشارکت برخی از مبارزان متحصن به اقدامتی دست زدند که عمده‌ترین آن‌ها انجام سخنرانی، انتشار اعلامیه و انتشار نشریه‌ای به نام تحصن بود (مصاحبه‌ها...، (136201363)، 182-183). متحصنان در روز 8 بهمن با صدور اعلامیه‌ای تأکید کردند تا باز شدن فرودگاه‌ها به روی امام خمینی به تحصن خود ادامه خواهند داد (اسناد انقلاب، 714. 4) این تحصن که تا صبح روز 12 بهمن ادامه یافت (پا به پای...، 195. 2)، مسجد دانشگاه تهران را به کانونی تأثیرگذار در روند مبارزه تبدیل کرد.
در لحظه تاریخی ورود امام خمینی به میهن در 12 بهمن 1357 آیت الله خامنه‌ای، که در اشتیاق دیدار امام لحظه شماری می‌کرد به همراه علما، روحانیون و مبارزان اسلامی برای استقبال از امام خمینی در فرودگاه مهرآباد حضور یافت. در طول دهه فجر انقلاب اسلامی، آیت الله خامنه‌ای همواره در کنار امام خمینی بود و در بسیاری از امور به ایشان مشورت می‌داد و همچنین مسئولین کمیته تبلیغات دفتر امام را با هدف مقابله با توطئه‌های خبری و تبلیغاتی مخالفان داخلی و خارجی حکومت اسلامی، مقابله با فرصت طلبی‌های احزاب و گروه‌های گوناگون سیاسی، تنظیم و انتظار اخبار و انتشار نشریه‌ای به نام امام را برعهده داشت. خود نیز چند مقاله نوشت و در آن نشریه منتشر کرد (قصه...، 95).
II. دهه اول انقلاب اسلامی (بهمن 1357-خرداد1368)
الف- شورای انقلاب؛
 یکی از نخستین عرصه‌های نقش آفرینی آیت الله خامنه‌ای در روند تکون نظام جمهوری اسلامی، عضویت و فعالیت در شورای انقلاب بود. این شورا پس از مهاجرت امام خمینی به فرانسه در مهر 1357 و ظهور نشانه‌های پیروزی انقلاب اسلامی و ورود نهضت اسلامی به مرحله انقلاب با نظر امام خمینی از اوایل آبان شکل گرفت و اعضای آن توسط امام خمینی به تدریج انتخاب شدند، اما به سبب رعایت ملاحظات مختلف به صورت رسمی در آستانه پیروزی انقلاب در 22 دی 1357 اعلام گردید (صحیفه، 426. 5-428). نخستین اعضای شورا مرتضی مطهری، سیدمحمد حسینی بهشتی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، محمدرضا مهدوی کنی ، سید علی خامنه‌ای و محمد جواد باهنر و اکبر هاشمی رفسنجانی بودند. در ادامه کار شورا نیز افراد دیگری به عضویت ان درامدند (خاطرات آیت الله، 183). آیت الله خامنه‌ای در اواخر دی ماه در این جلسات حضور پیدا کرد (پا به پای، 192. 2) شورا در این مقطع، تصمیم گیری‌های مهم در مورد مبارزه را برعهده داشت از جمله آن‌ها مذاکره با مقامات حکومت پهلوی و مقامات کشورهای خارجی، از جمله آمریکا و نیز تشکیل کمیته استقبال از امام خمینی بود (قاسم‌پور، 92-94) اقدام مهم دیگر شورای انقلاب در مقطع قبل از پیروزی، معرفی مهدی بازرگان به عنوان رئیس دولت موقت به امام خمینی بود (هاشمی، انقلاب و...، 169).
پس از پیروزی انقلاب آنچه برعهده شورای انقلاب قرار داشت عبارت بود از: قانون گذاری در غیاب قوه مقننه، انجام دادن بخشی از وظایف قوه مجریه پس از ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در تیر 1358 و انجام دادن همه وظایف آن پس از استعفای دولت موقت در 14 آبان 1358. در کنار این وظایف اصلی، مرجعی برای رفع معضلات و بحران‌های پیش روی نظام نوپای جمهوری اسلامی و مشاوره برای امام نیز بود (سائلی، 11). به رغم تغییر چندین باره ترکیب اعضای شورای انقلاب در ادوار چهارگانه آن تا پایان فعالیتش در 29 تیر 1359 آیت الله خامنه‌ای عضو ثابت آن باقی ماند (ه‌مان، 49062) ایستادگی در برابر نظرات و مواضع جهت دار اعضای موسوم به لیبرال شورا، هشدارهای مکرر نسبت به ضرورت جلوگیری از نفوذ اعضا و هواداران حزب توده ایران و دیگر احزاب و گروه‌های مخالف انقلاب اسلامی در ارتش و عرصه فرهنگ کشور از مواضع مهم وی در جلسات و تصمیمات شورا بود (خلاصه، جلسه‌های مختلف) او معتقد وبد که در شورای انقلاب باید از قشرهای گوناگون جامعه نماینده‌ای حضور داشته باشد (ه‌مان، جلسه 1357. 12. 10) مسائل کردستان، سیستان و بلوچستان و دیگر مناطق کشور و ضرورت حفظ وحدت از دیگر موضوعات مهم و مورد توجه وی درشورای انقلاب بود.
او براین عقیده بود که دولت موقت در قضیه کردستان ضعف نشان داده است و باید آن را از راه‌های مختلف حل کرد و از سرایت آن به سایر مناطق قومی کشور جلوگیری نمود (ه‌مان، جلسه‌های 1357. 12. 29؛ 1358. 06. 04؛ 1358. 07. 15؛ 1358. 09. 02) در مورد منطقه سیستان و بلوچستان نیز براساس تجربه حضورش در زمان تبعید و اطلاع از اوضاع سیاسی و اجتماعی آن منطقه، بر بهبود وضع اقتصادی و معیشتی مردم آن دیار تأکید داشت (ه‌مان جلسه‌های 1358. 01. 15؛ 1358. 001. 19؛ 1358. 06. 11؛ 1358. 08. 12؛ 1358. 06. 10 و 1358. 10. 08) در این زمینه در 9 فروردین 1358 از سوی امام خمینی مأموریت یافت در رأس هیئتی عازم آن منطقه شود تا به خواست‌ها و مشکلات مردم رسیدگی، و در مورد وضعیت آن منطقه گزارشی تهیه کند (صحیفه، 420. 6). در این سفر، افزون بر مأموریت یادشده، با برخی از سران و متنفذین محلی دیدار، و سیاست‌های نظام جمهوری اسلامی را برای آنان تشریح و تبیین کرد.
حمایت از تأسیس و تقویت نهادهای انقلابی و مردمی چون سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جهاد سازندگی از دیگر مواضع اصولی وی در شورای انقلاب بود (خلاصه، جلسه‌های 1358. 04. 10، 1358. 06. 14، 1358. 09. 04).
با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در آخر تیر 1358 برخی اعضای شورای انقلاب از سوی ان شورا به برخی از وزارت خانه‌های حساس راه یافتند و از آن جمله آیت الله خامنه‌ای به معاونت امور انقلاب وزارت دفاع انتخاب گردید در این زمان دکتر مصطفی چمران وزیر دفاع بود (دولت‌ها...، 457، 459). همچنین در جریان ادغام شورای انقلاب و دولت موقت که با هدف تمرکز بیشتر در قوه مجریه صورت گرفت وی به عضویت کمیسیون وزرای امنیتی که سرپرستی و مسئولین کلیه امور انتظامیف نظامیف و امنیتی، از جمله بحران‌های گنبد، کردستان و خوزستان و مقابله با اقدامات احزاب و گروه‌های ضد انقلاب را برعهده داشت، انتخاب گردید (سائلی، 1170118).
از دیگر مأموریت‌های وی از طرف شورای انقلاب، مسئولین مرکز اسناد و نیز سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در 3 اذر 1358 بود (خلاسه، جلسه 1358. 09. 03) وی قبل از این نیز به نمایندگان از سوی شورای انقلاب در برخی جلسات سپاه پاسداران شرکت می‌کرد علت انتخاب او به سپرستی سپاه، باقی ماندن پاره‌ای اختلافات در بدنه و سازمان سپاه بود که در ماه‌های پس از پیروزی انقلاب اسلامی شکل گرفته بود و با تلاش‌های می‌انجی گرانه به نتیجه نرسیده بود (رسالت، شمـ 997، ص10) وی که از حامیان نیروهای نظامی مردمی، به ویژه سپاه بود، در مدت حضور در رأس آن نیرو سعی کرد علاوه بر رفع اختلافات موجود، سازمان مناسبی بدان بدهد. او 5 اسفند 1358 از مسئولیت سرپرستی سپاه پاسداران به دلیل نامزدی در انتخابات نخستین دوره مجلس شورای اسلامی استعفا کرد (هاشمی، انقلاب و، 449).
ب- حزب جمهوری اسلامی؛
 آیت الله خامنه‌ای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن، همزمان با حضور موثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دوره گذار (ه‌مان، 125) به همراه سیدمحمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت می‌کرد. (ه‌مان، 2150218) این تشکل با نام حزب جمهوری اسلامی در 29 بهمن 1357 رسما اعلام موجودیت کرد، اما سابقه تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان 1356 برمی گردد که در ان برخی از مبارزان از جمله موسسین بعدی حزب جمهوری اسلامی درصدد تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت برضد حکومت پهلوی و توسعه اندیشه اسلامی بودند (جاسبی، 149. 4).
بر این مبنا حزب در دوره فعالیت غیررسمی خود در ماه‌های منتهی به پیروزی انقلاب نقش موثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانی‌ها برعهده داشت که فعالیت آیت الله خامنه‌ای در این زمینه قابل ملاحظه بود (جاسبی، 146. 4-147) از دلایل تأسیس حزب جمهوری اسلامی می‌توان به این موارد اشاره کرد: پرکردن خلأ ناشی از قفدان تشکیلات منظم و روزامد برای صیانت و حمایت از نظام نوپای جمهوری اسلامی، کمک به تداوم انقلاب و حفظ یک پارچگی و حضور مردم در صحنه، پی ریزی بنیان‌های اساسی نظام جمهوری اسلامی، صیانت از محوریت نقش آفرینی امام خمینی در دوران پس از انقلاب، تعمیق اندیشه اصیل اسلامی در اذهان مردم، هدایت لحظه به لحظه سیاسی مردم، کمک برای تأمین نیروی انسانی دستگاه‌های اجرایی برای تحقق اهداف انقلاب اسلامی، موضع گیری صریح و صادقانه در برابر ترفند‌ها و فریب‌های دشمنان داخلی و خارجی (کارنامه...، 407). وی از تهیه کنندگان مرام نامه حزب بود. در تقسیم بندی وظایف اعضا نیز وظیفه تبلیغات حزب را برعهده گرفت (جاسبی، 146. 4).
آیت الله خامنه‌ای عضو موسس و عضو شورای مرکزی حزب بود و در مجموع در دوره تأسیس حزب بیشتر نقش تبیینی ایفا کرد و مواضع حزب را به صورت گفتار‌ها و جزوه‌هایی ارائه نمود او در تأسیس شعبه حزب در مشهد نقش داشت و دفتر آن شعبه را در 26 اسفند 1357 افتتاح کرد.
پس از آیت الله بهشتی و دکتر باهنر-اولین و دومین دبیرکل حزب- آیت الله خامنه‌ای در شهریور 1360 از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شد (هاشمی، عبور...، 263) در سال‌های پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه 1360، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت می‌کرد و مقوم پایه‌های نظام جمهوری اسلامی بود (ه‌مان، آرامش، 267). آیت الله خامنه‌ای حزب جمهوری اسلامی را نهادی ضروری جهت حفاظت از کلیت نظام نوپای جمهوری اسلامی می‌دانست نخستین کنگره حزب در اردیبهشت 1362 برگزار و آیت الله خامنه‌ای برای دومین بار به دبیر کلی حزب و عضویت شورای مرکزی (خاطرات سیدمرتضی، 168) و شورای داوری حزب (جاسبی، 300. 4) انتخاب شد. وی در طول دوران ریاست جمهوری در جلسه‌های حزب جمهوری اسلامی تهران و شهرستان‌ها شرکت می‌کرد و ضمن تبیین مأموریت‌ها و اهداف حزب، به پرسش‌های اعضای دفتر‌ها و شعب و اعضای حزب پاسخ می‌داد (جمهوری...، شمـ 1541، ص 15، شمـ1543، ص2).
وی همزمان با دوره دوم ریاست جمهوری نیز دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی را برعهده داشت در این دوره فعالیت‌های حزب به دلایل مختلف، کاهش یافت و دیگر کارایی سال‌های اولیه خود را نداشت. از جمله آن دلیل‌ها می‌توان این موارد را یاد کرد: رفع بحران‌های سالهای اولیه انقلاب، تأسیس نهاد‌ها و سازمان‌های مورد نیاز جمهوری اسلامی که حزب در تأسیس، تقویت و رشد آن‌ها نقش موثری داشت. اشتغال شخصیت‌های محوری حزب از جمله آیت الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در مشاغل مهم نظام در کنار فقدان برخی از بنیان گذاران موثر آن، نارضایتی امام خمینی از تبدیل حزب از عامل وحدت بخش به عامل تفرقه و تشدید جناح بندی‌ها در درون حزب (فراز و نشیب...، 11). از این رو، آیت الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در اوایل خرداد 1366 با نگارش نامه‌ای به امام خمینی و ذکر دلایل یاد شده، به ویژه پیدایش و تشدید جناح بندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه، خواستار تعطیلی فعالیت‌های آن شدند (جمهوری، شمـ 232، ص1). امام خمینی نیز در 11 خرداد 1366با این درخواست موافقت کرد و متعاقب ان فعالیت‌های حزب تعطیل شد (صحیفه، 275. 20)
ج- امامت جمعه تهران؛
امام خمینی در 24 دی 1358 آیت الله خامنه‌ای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل به امامت جمعه تهران منصوب کردند (ه‌مان، 116. 12) آیت الله خامنه‌ای نخستین نماز جمعه را در 28 دی 1358 امامت کرد (در مکتب...، 1. 2-3) از این تاریخ تا واقعه 6 تیر 1360 که در مسجد ابوذر تهران به وی سوءقصد شد و براثر آن به شدت مجروح گردید، به جز مقطع 21 بهمن تا 6 اسفند 1359 که در جریان سفری تبلیغی در هندوستان به سر می‌برد، نماز جمعه تهران را اقامه کرد (ه‌مان، 2. جمـ، 3/جمـ) پس از آن نیز همواره این سمت را برعهده داشت اقدام مهم و ابتکاری وی در مورد نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه جمعه به منظور انسجام شبکه امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام بود که پس از موافقت امام خمینی، نخستین سمینار در مدرسه فیضیه قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعدد دیگری نیز برگزار گردید (فرهنگ و...، 311). وی در خطبه‌های نماز جمعه به عنوان یک تریبون اثرگذار، مهم‌ترین و قاطع‌ترین مواضع اصولی و راهبردی نظام جمهوری اسلامی را ارائه کرده، و همچنین، به تعمیق اندیشه دینی و بینش و بصیرت سیاسی جامعه پرداخته است. اهتمام به خطبه‌های عربی نیز که مخاطب ان مسلمانان جهان اسلامی بود، از ویژگی‌های خطبه‌های ایشان بوده است.
د- در مجلس شورای اسلامی
آیت الله خامنه‌ای پس از نامزدی برای انتخابات نخستین دوره قانون گذاری مجلس شورای اسلامی در اسفند 1358، از سوی ائتلاف بزرگ نیروهای خط امام شامل جامعه روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و چندین سازمان و گروه اسلامی دیگر در انتخابات مجلس شورای اسلامی حمایت شد (رضوی، 384) و از حوزه انتخابیه تهران وارد مجلس گردید. در مجلس، عضو و رئیس کمیسیون امور دفاعی بود. در مدت ریاست ایشان طرح‌ها، لوایح و موضوعات متعددی در آن کمیسیون بررسی شد که از مهم‌ترین آن‌ها می‌توان تأمین نیازمندی‌های استخدامی سپاه پاسداران، ادغام سازمان بسیج مستضعفین در سپاه پاسداران، مسئله کردستان، مسائل مرزی، مسئله بلوچستان و سازماندهی نوین ارتش را یاد کرد (آشنایی،...، 90-91). از موضع گیری‌های مهم وی در طول نمایندگی می‌توان به صحبت‌های مهم و مستند او در موافقت با طرح عدم کفایت سیاسی بنی صدر برای ریاست جمهوری اشاره کرد (خلاصه، جلسه‌های 1660168) با آغاز جنگ ایران و عراق در 31 شهریور 1359 و به سبب حضور در جبهه‌های جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور یافت و پس از جراحت شدید در 6 تیر 1360 در موارد معدود در آن حاضر شد با انتخاب به مقام ریاست جمهوری در مهر 1360 قوه مقننه را ترک گفت.
هـ - دفاع مقدس؛
آیت‌الله خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در تدبیر مسائل جنگ فعالانه به ایفای نقش پرداخت. ساعاتی پس از شروع حمله به خاک کشورمان اولین اطلاعیه در مورد تجاوز ارتش بعث عراق به ایران را تهیه کرد و از رادیو به اطلاع مردم رساند (خاطرات ماندگار، 12). در دومین روز شروع جنگ در جلسه‌ای که در ستاد مشترک ارتش برای بررسی چگونگی برخورد با تجاوز نظامی عراق تشکیل شد، حضور یافت و ان‌گاه که قرار شد یک نفر از ان‌ها برای بررسی مسئله به جبهه‌های جنگ برود، نخستین کسی که این پیشنهاد را پذیرفت آیت الله خامنه‌ای بود. (ه‌مان، 11).
در 5 مهر 1359 پس از اجازه از امام خمینی در کسوت یک نظامی، در جبهه‌های جنگ حضور یافت (اطلاعات، شمـ 21889، ص9) تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقه مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه نموده و با سازمان دهی نیرو‌ها برای مقابله با دشمن کمک کند (جمهوری، شمـ 387، ص1) بر این اساس راهی جبهه جنوب شد و تا اواسط بهار سال 1360 در آن جبهه استقرار داشت. پس از آن، در جبهه غرب حاضر شد حضور وی جز برای اقامه نماز جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام یا جلسات ضروری و سفر‌ها و سخنرانی‌های لازم، مستمر بود (مصاحبه‌ها (1360)، 7-8). وی در چندین عملیات نظامی و یا طراحی ان شرکت کرد. پشتیبانی و تأمین نیازهای تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیت‌های ایشان در صحنه نبرد بود.
بیشتر وقت وی در جبهه‌ها برای هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگ‌های نامنظم- که توسط مصطفی چمران تشکیل شده بود- صرف می‌شد (امید...، شمـ 147، ص 8-9) از اقدامات ویژه این ستاد که آیت الله خامنه‌ای مستقیما در آن نقش داشت، تشکیل گروه‌های نظامی مخصوص شکار تانک بود. در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، ابادان و سوسنگرد نقش موثری داشت و در تقویت نیروی نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیه نیازمندی‌های فنی و تجهیزاتی آن‌ها نقش بسیاری ایفا نمود (خاطرات و حکایت‌ها، 7. 10-20) از دیگر تلاش‌های وی ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود (کیهان، شمـ 11155، ص4).
به فرمان امام خمینی در 20 مهر 1359 شورای عالی دفاع عهده دار کلیه امور جنگ شد (صحیفه، 263. 13-264) و آیت الله خامنه‌ای براساس حکم امام در 20 اردیبهشت 1359 نماینده وی در این شورا (ه‌مان، 281. 12) و نیز سخنگوی ان شد (جمهوری، شمـ 409، ص 6) در این مدت مشاور امام خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود (بنی لوحی، 172-173) وی معمولا در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره مباحث و تصمیمات شورا مصاحبه مطبوعاتی انجام می‌داد و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم می‌رسانید (جمهوری، شمـ 409، ص6).
در عملیات شکستن حصر آبادان (از جنوب...، 174؛ اطلاعات، شمـ 19153، ص5) حضور مستقیم داشت و در مورد خرمشهر نیز اعتقاد داشت که با اتخاذ تدابیر نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری کرد، حتی در این زمینه نامه‌ای به ابوالحسن بنی صدر، رئیس جمهور و فرمانده کل قوای وقت نوشت و هشدار داد که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد. اما بنی صدر به آن هشدار توجهی نکرد (مصاحبه‌ها (1360)، 59) اندکی پس از آغاز جنگ گروهی از شخصیت‌ها و سازمان‌های بین المللی و نیز برخی از کشور‌ها برای ایجاد صلح بین دو کشور، به فعالیت‌هایی دست زدند.
آیت الله خامنه‌ای در این مورد اعتقاد داشت تا زمانی که عراق شروط اصلی ایران شامل عقب نشینی به مرزهای بین المللی، پرداخت خسارت و تنبیه متجاوز را نپذیرد، صلحی پدید نخواهد آمد و اگر عراق این شروط را نپذیرد آن را به زور از سرزمین‌های خود بیرون می‌کنیم همچنین معتقد بود که صلح تحمیلی بد‌تر از جنگ است (در مکتب، 58. 08. 09) با وجود این، تردد هیئت‌های صلح را از این نظر که باعث روشن شدن ابعاد جنایات صدام حسین و نیروهای او برضد مردم ایران می‌شد و به اثبات مظلومیت ایران و تجاوزگری صدام کمک می‌کرد، مفید می‌دانست (جمهوری، شمـ 509، ص2).
در دو دوره ریاست جمهوری آیت الله خامنه‌ای، جنگ در رأس امور و مهم‌ترین موضوع کشور بود از 1360 تا 1364 ش تحولاتی در صحنه جنگ پیش امد و در مجموع موزانه در جبهه‌های جنگ به سود ایران تغییر یافت. نیروهای عراقی از بیشتر سرزمین‌های اشغال شده بیرون رانده شدند و با وحدت نظر مسئولان ارشد کشور از جمله آیت الله خامنه‌ای به عنوان رئیس شورای عالی دفاع سلسله عملیات نظامی، طراحی و اجرا شد. هم زمان با آن تحولات، حضور دیپلماتیک ایران در عرصه بین المللی نیز بیشتر و فعال‌تر شد. وی طی 7 سال از مجموع 8 سال دوران ریاست جمهوری خود که مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی خود را به مذاکره با هیئت‌های حسن نیت صلح که از سوی سازمان‌های بین المللی، اسلامی و منطقه‌ای و یا با شخصیت‌های مهم بین المللی و منطقه‌ای که مأموریت میانجی‌گری داشتند، اختصاص داد. در دوره ریاست جمهوری به دلیل مخالفت امام با حضور در جبهه‌های جنگ، به برخی حضور‌ها و بازدیدهای محدود اکتفا کرد، اما در مقطع پایانی جنگ و پس از قبول قطعنامه وضعیت وخیم جبهه‌ها او را ناگریز کرد پس از کسب مواقفت امام خمینی برای ایجاد تحولی عظیم به جبهه‌ها رهسپار شود.
همچنین آیت الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در 1365 ش و به منظور به کارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام دادن اقدامات موثر در بسیج نیرو‌ها و امکانات برای رفع نیازمندی‌های جبهه‌های جنگ تشکیل شد (ه‌مان، شمـ 2088) امام خمینی در پاسخ به استعلام وی در 19 بهمن 1366 مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم الاجرا اعلام کرد (صحیفه، 467. 20)
در تابستان 1367- در آخرین سال ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه ای با پذیرش قطعنامه 598 در جلسه‌ای به ریاست آیت الله خامنه‌ای و با حضور مسئولان عالی رتبه نظام در 26 تیر 1367 به تصویب رسید و امام خمینی نیز بر آن صحه گذاشت (درودیان، 163) امام خمینی در پیامی به مردم ایران قبول قطعنامه را مسئله‌ای بسیار تلخ و ناگوار و صرفا به دلیل مصلحت انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام کرد: قول این مسئله برای من از زهره کشنده‌تر است؛ ولی راضی به رضای خدایم و برای رضایت او این جرعه را نوشیدم... در قبول این قطعنامه فقط مسئولان کشور ایران به اتکای خود تصمیم گرفته‌اند؛ و کسی و کشوری در این امر مداخله نداشته است. (صحیفه، 92. 20، 95).
به دنبال این تصمیم آیت الله خامنه‌ای به عنوان رئیس جمهور در نامه‌ای در 27 تیر 1367 به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار، پذیرش قطعنامه 598 سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد (ولایتی، 278-279).
و- فعالیت‌های ارشادی و تبیینی
بخشی مهمی از فعالیت‌های سیاسی و مذهبی آیت الله خامنه‌ای از پیروزی انقلاب اسلامی تا انتخاب به ریاست جمهوری، فعالیت‌های ارشادی به منظور نهادینه کردن و تثبیت نظام جمهوری اسلامی بود.
به دنبال شهادت آیت الله مرتضی مطهری و خلأی که از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان پدید آمده بود، امام خمینی در 23 خرداد 1358 طی سخنانی در جمع دانشجویان، ایت الله خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامیده و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و اعتقادی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروه‌های مخالف نظام جمهوری اسلامی، به ویژه مارکسیست‌ها در محیط دانشگاهی تعیین کرد (صحیفه، 138. 8) وی از این تاریخ تا شروع جنگ ایران و عراق در 31 شهریور 1359 روزهای دوشنبه در مسجد دانشگاه تهران در جمع دانشجویان حضور می‌یافت و ضمن اقامه جماعت نماز ظهر و عصر و ایراد سخنرانی در موضوعات مهم روز، به پرسش‌های فکری و سیاسی ان‌ها پاسخ می‌داد. این جلسات بعد‌ها درمساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد. حادثه سوء قصد به وی در مساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد. حادثه سو قصد به وی در مسجد ابوذر در خلال یکی از همین جلسات رخ داد (جمهوری، شمـ 113، ص8، شمـ 182، ص 10، شمـ 192، ص10).
اقدام دیگر او مقابله با تلاش‌هایی بود که از سوی برخی از اعضای دولت موقت برای انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی در حال شکل گیری بود بدین نحو که نامه‌ای به امضای 15 نفر از وزیران و اعضای دولت موقت تهیه شده بود و در نظر داشتند قبل از اطلاع امام خمینی و اگر امام خمینی مخالفتی کرد به صورت دسته جمعی استعفا کنند (مصاحبه‌ها (1360)، 112-114) آیت الله خامنه‌ای که از سوی شورای انقلاب در جلسه هیئت وزیران شرکت می‌کرد، بعد از طرح نامه مذکور در جلسه به شدت با آن مخالفت نمود و بر ضرورت اطلاع امام خمینی پیش از انتشار آن تأکید ورزید. امام خمینی نیز، پس از اگاهی از موضوع، با درخواست آنان مخالفت نمود و بر ادامه کار قانونی مجلس خبرگان قانون اساسی تأکید کرد (صحیفه، 320. 10)
در دومین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی که مقارن با آغاز قرن 15 هجری قمری نیز بود. بنا به تصمیم شورای عالی تبلیغات اسلامی، هیئت‌های گوناگونی از طرف نظام جمهوری اسلامی به کشورهای مختلف جهان عزیمت کردند تا مواضع و دیدگاه‌های جمهوری اسلامی ایران و ویژگی‌های انقلاب اسلامی را برای ملت‌ها، به ویژه ملت‌های مسلمان تشریح و تبیین کنند. آیت الله خامنه‌ای سرپرستی هیئت اعزامی به هندوستان را برعهده گرفت. وی به مدت دو هفته در اواخر بهمن و اوایل اسفند 1359 به شهرهایی چون دهلی نو، حیدرآباد، بنگلور (کیهان، شمـ 11222، ص4) و منطقه کشمیر (جمهوری، شمـ 498، ص3) سفر کرد و در سخنرانی‌ها، دیدار‌ها و گفتگو‌ها و مصاحبه‌های مطبوعاتی به ویژه با اصحاب مطبوعات محلی، دانشجویان و استادان دانشگاه‌ها، تشکل‌ها و شخصیت‌های اسلامی و شیعیان هند چهره واقعی انقلاب اسلامی ایران و نظام جمهوری اسلامی و مسائل مهم آن، به ویژه جنگ با عراق را تشریح و بیان کرد (کیهان، شمـ 11218، ص12؛ جمهوری، شمـ 497، ص3) همچنین، با خانم گاندی نخست وزیر هند- که از شخصیت‌های معتبر و موجه بین المللی بود- دیدار و گفتگو کرد (در مکتب، 114. 3-118).
ز- مقابله با لیبرال‌ها و بنی صدر؛
یکی از مسائل مهم جامعه ایران در سال‌های اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی وجود و فعالیت دو جناح تأثیرگذار موسوم به نیروهای خط امام و لیبرال‌ها در ساختار سیاسی رسمی کشور بود. بیشتر یاران، نزدیکان و مشاوران امام خمینی از جمله آیت الله خامنه‌ای در جناح نیروهای خط امام قرار داشتند. چهره شاخص جناح لیبرال که از لحاظ فکری و بینش سیاسی تعارض‌های زیادی با نیروهای خط امام داشت، ابوالحسن بنی صدر بود. آیت الله خامنه‌ای، بنی صدر را نماینده جریانی می‌دانست که عامل تفرقه و درگیری در سطح مسئولان ارشد کشور و در نتیجه سبب تفرقه و تشتت در جامعه بود (زندگینامه، 166-172). اما با وجود اختلاف نظر اساسی با بنی صدر و جریان همفکر و حامی او، به منظور حفظ وحدت در جامعه و تأکید امام خمینی بر آن، مخالفت خود را در محافل عمومی ابراز نمی‌کرد. در برخی موارد نیز داوری نزد امام خمینی می‌برد. پس از انحراف واضح بنی صدر از ماهیت انقلاب اسلامی و قانون اساسی و پس از طرح عدم کفایت سیاسی وی برای ریاست جمهوری در مجلس شورای اسلامی در 30 خرداد 1360، آیت الله خامنه‌ای در موافقت با طرح، نطق مشروح و موثری را یاد کرد (مشروح...، دوره اول، جلسه 167).
آیت الله خامنه‌ای از 1358 تا اول تیر 1360 در موارد گوناگون بر ضد جناح لیبرال و ملی گرا موضع مخالف گرفت. وی با حفظ دفتر مستشاری نظامی آمریکا در ایران با تغییر نام آن از سوی دولت موقت مخالفت کرد (مصاحبه‌ها، (1363-1364)، 114-116) در مورد انتخاب وزیران، معاونان وزرا و مسئله پاکسازی در ادارات و سازمان‌های دولتی نیز با انتخاب افرادی که در خط انقلاب نبودند و طرفدار خط سازش با آمریکا و یا رابطه داشتن با کشورهای مرتجع عرب و مواردی از این دست بودند، مخالفت می‌کرد (خلاصه، جلسه‌های متعدد)
آیت الله خامنه‌ای در 6 تیر 1360 و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت کار گذاشته شده بود به شدت زخمی شد (هاشمی، انقلاب در...، 176) امام خمینی در پیامی خطاب به آیت الله خامنه‌ای توطئه سوء قصد به جان وی را محکوم کرد و از او تجلیل نمود (صحیفه، 304. 14). براثر این سوء قصد وی از ناحیه سینه، دست راست آسیب جدی دید. گزارش‌های غیررسمی مسبب این حادثه را سازمان مجاهدین خلق ایران دانسته‌اند. (جرعه نوش...، 217-218) آیت الله خامنه‌ای اولین فردی بود که در حوادث و جریانات پس از عزل بنی صدر از فرماندهی کل قوا و ریاست جمهوری ترور شد. در 18 مرداد 1360 از بیمارستان مرخص شد و مجددا به صحنه اجتماعی و سیاست بازگشت و از 26 مرداد 1360 در جلسات مجلس شورای اسلامی حاضر شد (مشروح، دوره اول، جلسه 199).
ح- دوران ریاست جمهوری؛
پس از شهادت محمد علی رجایی-دومین رئیس جمهور اسلامی ایران- شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به اتفاق آرا و به رغم مخالفت آیت الله خامنه‌ای، وی را به عنوان نامزد ریاست جمهوری انتخاب کردند و امام خمینی که سابقا با تصدی روحانیون در مقام ریاست جمهوری موافق نبودند، یا نامزدی او موافقت کردند (فارسی، 543-544).
پس از نامزدی و اعلام صلاحیت توسط شورای نگهبان، گروه‌ها و شخصیت‌های مختلف از ریاست جمهوری او حمایت کردند. از مهم‌ترین حامیان آیت الله خامنه‌ای ائتلاف گروه‌های خط امام بود (جمهوری، شمـ 667، 668، 669، 670، 671، ص1، 11) انتخابات در 10 مهر 1360 برگزار شد و آیت الله خامنه‌ای با کسب اکثریت مطلق آراء (95. 11%) به عنوان رئیس جمهور انتخاب شد (ه‌مان، شمـ 678، ص 11) در 17 مهر 1360 امام خمینی حکم ریاست جمهوری وی را تنفیذ کرد (صحیفه، 278. 15) و او در 21 مهر به عنوان سومین رئیس جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد (مشروح، دوره اول، جلسه 224).
آیت الله خامنه‌ای در 27 مهر 1360 علی اکبر ولایتی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و از نیروهای خط امام بود، به عنوان نخست وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد (ه‌مان، جلسه 226)، ولی وی در رأی گیری روز 30مهر 1360 نتوانست آراء اکثریت نمایندگان را کسب نماید (ه‌مان، جلسه 227) در 4 آبان 1360 میرحسین موسوی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، سردبیر روزنامه جمهوری اسلامی و وزیر امور خارجه دولت‌های رجایی، باهنر و مهدوی کنی (دولت‌ها 461، 467، 472، 482) بود، به عنوان نخست وزیر به مجلس معرفی کرد (مشروح، دوره اول، جلسه 229)، او توانست در 6 آبان 1360 آراء موافق اکثریت نمایندگان مجلس را کسب کند (ه‌مان، جلسه 230).
آیت الله خامنه‌ای ریاست جمهوری خود را در حالی اغاز کرد که نهاد ریاست جمهوری دارای ساختار مناسبی نبود. گروه‌های مشاور و کارگروه‌ها برای کمک به رئیس جمهور در انجام وظایف قانونی نیز هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیس جمهور پدید می‌آورد به تدریج، دفتر ریاست جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت (خاطرات...، 7). ایت الله خامنه‌ای در ابتدا بخشی از تلاش‌های خود را معطوف ساختارسازی برای دفتر رئیس جمهور و نهاد ریاست جمهوری کرد. بعد‌ها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس جمهور که کاستی آن به ویژه در تعامل با نخست وزیر در طول دوره اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس جمهور تهیه و تدوین شد و درتاریخ 16 اردیبهشت 1365 به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید (مشروح، دوره دوم، جلسه 268).
سرفصل برنامه‌های آیت الله خامنه‌ای در دوره چهار ساله اول ریاست جمهوری عبارت بود از: اهتمام به امور مربوط به جنگ تحمیلی؛ نیل به سیاست‌های اقتصادی به سوی حمایت از مستضعفان و دور افتادگان از مرکز؛ طاغوت زدایی از همه شئون زندگی اداری، اجتماعی و سیاسی مردم ایران؛ کشف و به کارگیری استعدادهای انسانی در همه عرصه‌ها از تکنیک تا هنر؛ تأمین امنیت اجتماعی، اداری و قضایی برای ارائه خدمت موثر به مردم؛ تأمین امنیت و آزادی همه افراد وفادار به نظام جمهوری اسلامی با هر اندیشه و تفکر (حاج سیدجوادی، 103-104).
در دوره چهار ساله دوم نیز ضمن ادامه برنامه‌های دوره اول که در رأس آن‌ها جنگ تحمیلی قرار داشت، این موارد نیز از اهم برنامه‌های آیت الله خامنه‌ای بود: تدوین لایحه اختیارات ریاست جمهوری، کاهش تصدی‌گری دولت و واگذاری امور به مردم، به کار گماردن مسئولان لایق، انقلابی و کارآمد در دولت، رفع فقر مزمن و طولانی مدت حاکم بر جامعه و زندگی مردم، واگذاری زمین‌های کشاورزی به مردم، واگذاری صنایع دولتی به بخش تعاونی، سهیم شدن کارگران در کارخانه‌ها، گسترش و توسعه صادرات غیرنفتی و کاهش اتکای کشور به درآمد نفت، مشارکت مردم در امور اقتصادی و فرهنگی کشور با نظارت دولت، سوق دادن سیاست فرهنگی کشور به سوی استقلال فرهنگی (جمهوری، شمـ 1799، ص10-11).
در عرصه سیاست و روابط خارجی برنامه وی شامل این موارد بود: اتخاذ سیاست مستقل و متوازن در قبال هر یک از کشورهای جهان و تصمیم گیری بر مبنای مصالح نظام و کشور همراه با قاطعیت و صراحت، عدم وابستگی به شرق و غرب (نوازنی، 298. 1، 300، 339 و 392)، اهمیت دادن به وحدت میان مسلمانان جهان، اهتمام جدی در بازپس گرفتن حقوق مسلمانان جهان از قدرت‌های جهانی و مبارزه مستمر با هرگونه اقدام و حرکتی در جهت سلطه ابرقدرت‌ها در منطقه، اهتمام جدی به مسئله قدس و دیگر سرزمین‌های غصب شده فلسطین و آمادگی برای مبارزه همه جانبه با دشمن صهیونیست، بازگشت به فرهنگ غنی و اصیل اسلامی در عرصه بین المللی به عنوان سد راه دشمنان و غارتگران، افزایش فعالیت و حضور موثر در صحنه‌های بین المللی (علی بابایی، 130. 6)
آیت الله خامنه‌ای با توجه به تجربه مشکلات و اختلاف نظر‌ها با نخست وزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهار ساله اول ریاست جمهوری، مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند، اما پس از آنکه امام خمینی آن را تکلیف شرعی وی دانست، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری نامزد شود و از امام خواست که در انتخاب نخست وزیر مختار باشد و امام هم پذیرفت (هاشمی، امید...، 22-23؛ جرعه نوش، 237).
پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیس جمهور و در آستانه انتخاب نخست وزیر آن‌گاه که معلوم شد آیت الله خامنه‌ای به سبب عدم رضایت از وضعیت اداره کشور توسط نخست وزیر در صدد معرفی فرد دیگری برای نخست وزیری است، برخی نظامی‌ها نزد امام ابراز کردند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخست وزیری دوباره مهندس موسوی است. امام خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفت و به آیت الله خامنه‌ای حکم کرد که مهندس موسوی را به عنوان نخست وزیر معرفی کند. آیت الله خامنه‌ای در اطاعت از حکم امام و به رغم نظر مخالف خود، وی را به مجلس معرفی کرد (هاشمی، همانجا) در دوره دوم ریاست جمهوری آیت الله خامنه‌ای اختلافات رئیس جمهور و نخست وزیر ادامه یافت و در مواردی معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.
ادامه دارد(روزنامه جمهوری اسلامی سایت)